Das habe ich heute gefunden und interessiert gelesen:

Windows-Update infiziert Rechner: Flame nutzt Microsoft-Zertifikat - n-tv.de

Was mir nicht ganz klar ist:
Soll man nun automatische updates besser deaktivieren?

Das Deaktivieren der automatischen Updates ist in der Regel keine so gute Idee. Dann würdest du das Update von Microsoft nicht erhalten haben, das diese Sicherheitslücke schon geschlossen hat. Zum Beispiel mit so was hier:
KB2718704 - Update für die Zertifikats-Sperrliste