Ich vermute, folgendes ist passiert: das Upgrade auf die 1809 ist schief gelaufen. Hast du eventuell die Option "Apps und Persönliche Einstellungen behalten" deaktiviert, eventuell aus Versehen den Haken weggemacht ? Man verklickt sich ja ganz einfach. Dann werden diese zwar gesichert und in einen Backup Ordner verschoben, aber im Installationsverzeichnis gelöscht.
Microsoft legt beim Upgrade zwar ein Backup an, meines Wissens aber nur vom Systemlaufwerk C:
Wenn du nun ein anderes Laufwerk für die Programme angelegt hast, wurden diese Programme dort gelöscht. Bei dem Upgrade ist dann was schief gelaufen, und Windows 10 spielt die vorherige Version zurück. Dort sind zwar in der Registry und in der App Liste die Programme enthalten, diese existieren aber nicht mehr auf dem zuvor installierten Laufwerk. Da hast du halt Pech gehabt, und musst neu installieren.
Es ist überhaupt gar kein Problem, Programme auch auf einem anderen Laufwerk als der System Partition zu installieren. Nur dann musst du logischerweise ein anderes Backup Programm nutzen, wie zB Macrium Reflect, und alle Partitonen damit sichern.
Ich würde mich IN KEINEM FALL nur von der Windows 10 eigenen Sicherung abhängig machen, erst recht nicht VOR und WÄHREND einem Upgrade.
Man kann es etliche male sagen, das man regelmässig Backups durchführen soll. Es gibt genügend Gratis Software hierfür, für eine Komplett Sicherung. Aber das ist jedermanns eigene Sache.