Die komplette Registry oder auch nur größere Teile von Unterschlüsseln zu sichern und wiederherzustellen, ist nicht zu empfehlen. Windows führt laufend Änderungen an der Registry aus, also führen derartige Operationen an der Registry mit ziemlicher Sicherheit zu Fehlern. Entweder erzeugst Du für eine Systembackup ein Systemabbild oder als schnelle Lösung einen Wiederherstellungspunkt, in beiden Fällen sollte die Registry mit gesichert werden.
Sollte man kleine manuelle Änderungen an der Registry zurücknehmen wollen, macht man das am besten auch manuell oder man nutzt Reg-Dateien, die nur diese kleinen Änderungen an der Registry enthalten. Dann sollte man vor der Änderung der Registry schon die passende Reg-Datei für das Rückgängigmachen bereithalten. Weiterhin kann man wie von .Bernd erwähnt durchaus Unterschlüssel z.B. vom Schlüssel SOFTWARE per Kontextmenü in Regedit sichern und später wiederherstellen, wenn man weiß, was man tut.