Hmmm, wenn Du Vista neu installierst (mit Formatierung des Systemlaufwerks) wird meiner Meinung nach nichts gesichert... Wenn Du eine Art Reparatursetup durchführst, werden sicherlich weite Teile des Systems - und auch der Registry erhalten.
Ich nehme an, dass es dazu jetzt zu spät ist, aber ich würde vor Neuninstallation die Registry komplett oder teilweise exportieren (z.B. auf einen USB-Stick oder eine externe HDD) und dann von dort nach der Neuinstallation importieren.
Wenn Du aber darauf abzielst, vormalige Anwendungen ohne Installation, sondern nur durch einfaches Kopieren in den alten Pfad wieder zum Laufen zu bringen, weiss ich nicht, ob das immer sauber funktioniert (bei mir hat das unter Win7 mit Starmoney z.B. in der Tat funktioniert - es ließ sich unter Win 7 nicht installieren, läuft aber nun tadellos...).
Dein Post deutet darauf hin, dass Du eher über das alte System gebügelt hast, wenn ich den Passus "das alte Problem besteht weiterhin" richtig deute.
Also könntest Du in der Tat versuchen Teile der Registry zu sichern und dann wirklich neu zu installieren. Vielleicht besteht dann ja auch das alte Problem nicht mehr.