Diese Frage ist zwar schon ein paar Tage alt, aber für den Fall, dass jemand mit dem gleichen Anliegen hier reinschaut:
Um die Frage zu beatworten, muss man natürlich wissen, auf welcher Platte welches System liegt. In der Regel wird es so sein, dass Vista zuerst da war und Windows 7 zusätzlich installiert wurde.
Wer mit irgendeiner Boot-CD startet und die Vista-Partition formatiert, wird tatsächlich erleben, dass Windows 7 nicht mehr bootet.
Die einfachste Variante dürfte sein, mit EasyBCD den Vista-Eintrag zu entfernen und aus der Vista-Partition händisch alle Ordner außer "boot" zu löschen - so hat man maximalen Platzgewinn bei geringem Aufwand.
Und bei der mit der finalen Ausgabe fälligen Neuinstallation kann man Windows 7 ja dann wieder auf die "richtige" Partition/Platte aufspielen.