Beim Speichern von sehr vielen Dateien kann es unter Umständen passieren, dass Windows meldet es könne keine weiteren Dateien auf dem Datenträger speichern. Sowas kann zustande kommen, wenn die Clustergrösse ungünstig gewählt wurde und das Speichern von Dateien deshalb einen grossen "Verschnitt" verursacht.
Denn die Dateisysteme können pro Cluster immer nur eine einzige Datei speichern. Das führt dazu, dass nur ein einziges Byte, das in einem Cluster gespeichert wird, die restlichen Bytes dieses Clusters ungenutzt vor sich hin dämmern lässt. Das verringern der Clustergrösse würde das auflösen, weil sich der Verschnitt sofort deutlich verringert. Dies sollte man deshalb immer berücksichtigen, wenn man mit grösseren Clustergrössen arbeitet.
Um dies zu minimieren speichert NTFS allerdings sehr kleine (bis ca. 1 Kb) Dateien und auch Verzeichnisse komplett in der MFT, die als Datei von diesem Problem nicht betroffen ist. Kleine Clustergrössen erhöhen aber auch den Verwaltungsaufwand für das System, so dass immer ein Kompromiss gefunden werden muss, der einerseits den Verschnitt gering hält und auf der anderen Seite den Verwaltungsaufwand für das System nicht zu stark erhöht.
Hat man sehr viele, sehr kleine, Dateien, kann es deshalb auch von Vorteil sein, den für die MFT reservierten Platz von den standardmässigen 12,5 % auf 25, 37,5 oder sogar 45 % des Platzes auf dem Datenträger auszuweiten. Dafür ist der REG_DWORD Wert "NtfsMftZoneReservation" zuständig, der sich im Registryschlüssel "HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\FileSystem" befindet und mit den Daten 0,1,2,3 und 4 versehen werden kann. Wobei 0 und 1 die standardmässige Grösse von 12,5 % und die anderen Werte die erweiterten Grössen einstellen.
Die anderen Dateisysteme FAT 16 und FAT 32 können kleine Dateien nicht direkt in ihrer File Allocation Table speichern, so dass auch die kleinsten Dateien direkt in den Clustern gespeichert werden. Hier gibt es Einschränkungen hinsichtlich der Anzahl der adressierbaren Cluster, so dass mit Hilfe der Clustergrösse die Nutzung von grossen Datenträgern ermöglicht werden kann. Diese Einschränkung führt z.B. dazu, dass mit FAT 16 keine Datenträger grösser als 2 GB nutzbar sind. Denn die maximal adressierbare Clusteranzahl beträgt hier 65526 mit maximal 64 KB Grösse.
