Je nachdem um welches File es sich handelt... -- Wenn man z.B. ein Dokument auf dem USB-Stick hat, und das gleiche eben noch einmal auf der Festplatte und man einfach "alles scannen" anwählt kann es sein, dass dann die Dokumente entweder auf der Platte oder eben auf dem Stick fehlen...
Bei mp3-Dateien sollte man auch vorsichtig sein. Dort kommen Duplikate dann auch häufiger vor. z.B. ein Künstler hat ein Album, was man als MP3 gespeichert hat und dann noch ein Album ("Best of" o.ä.) wo zufällig genau derselbe Track dabei ist, er aber in einem Album fehlen würde, je nachdem aus welchem Album er gelöscht wird...
Generell würde ich vorsichtig sein, da es zudem auch noch vorkommen kann, dass das Programm System-Dateien, die mit Programmen häufig kommen (settings.ini o.ä) dann auch als Duplikat angesehen wird und damit dann eben irgendein Programm komplett nutzlos gemacht wird...
Also mach das nur, wenn du dich bei jedem File vergewissert hast wofür es gut ist, und woher das Duplikat überhaupt kommen kann... Theoretisch ist dann ja jedes Backup dann ein Duplikat und wird dann auch als ein solches angezeigt...